Владыка Иоанн (в миру Алексеев Илья Иванович) родился 16 июня 1862 года в Санкт-Петербурге. Из семьи ремесленников.
В 1883 году окончил Санкт-Петербургскую духовную семинарии и поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию.
В 1885 году на третьем курсе академии пострижен в монашество ректором, Преосвященным Афанасием.
4 апреля 1887 года - рукоположен во иеромонаха. В том же году окончил духовную академию со степенью кандидата богословия.
12 августа 1887 года - назначен смотрителем Александровского духовного училища в Ардоне (вблизи Владикавказа).
Через 1,5 года - инспектор Псковской духовной семинарии, потом вновь возвращается в Ардон.
1892 год - возведен в сан архимандрита.
В 1895 году выполнил поручение преобразовать Ардонское духовное училище в Александровскую миссионерскую семинарию, ректором которой он был тогда же назначен.
24 марта 1899 года - хиротонисан во епископа Чебоксарского, викария Казанской епархии. Избран председателем православного миссионерского братства святого Гурия, ставившего своей целью просвещение инородцев Поволжья и Сибири.
С 5 апреля 1902 года - епископ Пермский и Соликамский. Заняв Пермскую кафедру, владыка, используя казанский опыт, ознакомился лично со многими инородческими приходами. Добился от Св. Синода ассигнований казны на постоянное жалованье в инородческие приходы.
При нем построена Вознесенская церковь (освящена в 1904 году). Так же продолжено строительство деревянной Николаевской церкви на Слудке. В селе Пешнигорте вблизи Кудымкара был открыт женский монастырь - первая инородческая обитель в епархии.
В Перми Преосвященный Иоанн практически ослеп и 18 ноября 1903 года, в помощь больному был назначен викарием Павел (Поспелов) с наименованием епископом Кунгурским, который временно управлял епархией до своего нового назначения (17 января 1905 года).
Владык Иоанн скончался 1 января 1905 года. Отпевание совершили епископ Вятский Преосвященный Филарет (Никольский) и епископ Кунгурский Павел (Поспелов) в сослужении 52-х протоиереев и иереев, 34-х диаконов и 1-го протодиакона. 4 января пастыря похоронили на архиерейском кладбище в ограде кафедрального собора, рядом со своей матерью, скончавшейся двумя годами ранее. В 1930-31 года архиерейское кладбище было уничтожено советскими властями. Могила епископа Иоанна (Алексеева) утрачена.
